La historia comienza justo depués de la batalla de Sekigahara donde Tokugawa Ieyasu se convierten en shogun de Japón.Sarutobi Sasuke era un famoso ninja que trabajaba para Sanada Daisuke y que luchó en el lado perdedor en contra de Ieyasu.Se pensaba que se había suicidado cuando estuvo prisionero en un castillo,pero la historia cuenta que realmente escapó y que Sarutobi no es el nombre del ninja sino un clan ninja. Años después aparece Sasuke,un niño ninja que es enviado a vivir con el señor Sanada y que junto al Monje de acero luchará contra enemigos como Anzo Atori o el Demonio malvado en defensa del bien y la justicia.